延暦２４年（８０５年）、坂上田村麻呂（さかのうえのたむらまろ）開設の、北法相宗大本山です。
現存の諸堂は、寛永１０年（１６３３年）、徳川家光が再建したものです。
１３万平方メートルの寺域に、本堂（国宝）、鐘楼（重文）、仁王門（重文）、西門（重文）、三重の塔（重文）、経堂（重文）、阿弥陀堂、奥の院などの堂塔伽藍が並び、見事な建築美を見せています。
西国３３ヵ所巡りの１６番札所です。
現在は「世界遺産」に登録されています。

音羽山清水寺は、１２００余年前、すなわち奈良時代の末、宝亀９年（７７８）の開創になります。
奈良子島寺の延鎮上人が「木津川の北流に清泉を求めてゆけ」との霊夢をうけ、松は緑に、 白雲が帯のようにたなびく音羽山麓の滝のほとりにたどり着き、 草庵をむすんで永年練行中の行叡居士より観世音菩薩の威神力を祈りこめた霊木を授けられ、 千手観音像を彫作して居士の旧庵にまつったのが、当寺のおこりであります。
その翌々年、坂上田村麻呂公が、高子妻室の安産のためにと鹿を求めて上山し、 清水の源をたずねて延鎮上人に会い、殺生の非を諭され、鹿を弔うて下山し、 妻室に上人の説かれたところの清滝の霊験、観世音菩薩の功徳を語り、 共に深く観世音に帰依して仏殿を寄進し、ご本尊に十一面千手観音を安置したのであります。
その後、上人は坂上公を助け、協力して更に地蔵尊と毘沙門天とを造像してご本尊の両脇士とし、本堂を広く造りかえました。 音羽の滝は、清水滾々と数千万年来、音羽の山中より湧出する清泉で、金色水とも延命水ともよばれ、 わが国十大名水の筆頭にあげられる。
ここより「清水寺」の名がおこったわけであります。

清水寺の宗派は、北法相宗（きたほっそうしゅう）。単立の一寺一宗である。

法相宗は、唯識（ゆいしき）宗ともいう。
4〜5世紀のインドの仏教学者、弥勒（みろく）・無着・世親が開立した瑜伽（ゆが）派の教理を戒賢論師らが整理し、 それを苦難の旅行をして学んだ中国・唐の玄奘三蔵の弟子・慈恩大師が『成(じょう)唯識論』を基礎として開宗した。

奈良時代に唐に留学した奈良・元興寺の道昭が日本に初伝来し(南寺の伝)、さらに興福寺の玄�ﾑも伝来した(北寺の伝)。 清水寺は、開創以来、興福寺の北伝の法相宗を伝統してきたが、１９６５年「北法相宗」として独立した。
「北」は、北寺の伝に立脚するとともに、南都・奈良に対して北の京都に立地するという意味である。

宗旨は、「万法唯識」「三界唯一心。心のほかに別の法はなく、心と仏および衆生、この三つは差別なし」、 即ち、あらゆる現象(相)は唯(ただ)人間の心のはたらきの反映であるとする。